中国船舶集团有限公司系统工程研究院前身船舶系统工程部成立于1970年，隶属于中国船舶集团有限公司，是我国最早以“系统工程”命名，并将系统工程理论和方法应用于海军装备建设的军工科研单位。

成立之初，系统工程研究院主要从事舰艇武器装备战技论证，之后历经向系统工程研制的第一次业务转型，实现了从单一武器系统集成向以平台为基础的作战系统集成，以及从单平台系统集成向多平台、体系化综合集成的两次重大跨越，全面实施了以体系顶层研究为牵引，以系统集成转型升级和军民协调发展为特征的一次全新的探索，逐步发展成为面向海军装备体系、以系统集成为主业，覆盖“体系顶层研究、系统综合集成、核心设备研制”三个层次的骨干科研单位。

成立50多年，系统工程研究院始终秉持“以建设强大海军，服务国家为己任”的神圣使命，站在海军舰船装备发展前沿，培养和锻炼了一支专业知识扎实、系统工程实践经验丰富的科研和管理队伍，承担国家重大专项工程多项任务，完成了多型舰艇千余台套系统和设备的供货，为海军装备现代化建设作出了突出贡献。目前，拥有在职员工近千名，其中研究员163人，高级工程师252人，硕士以上学历占76％，本科以上学历占98％。共获得科技进步奖469项，其中国家级奖28项，省部级奖257项；获得授权专利千余项。拥有“双聘院士”1人并建有杨德森院士专家工作站和博士后工作站。

2020年以来，系统工程研究院持续总结成功经验、聚焦军工主业，找准战略定位、发挥传统优势，围绕海上作战，遵循科技发展规律，构建特色鲜明的核心能力，圆满实现了“十三五”发展目标，并稳步推进转型发展；同时，与中船电子科技有限公司实行一体化管理，在卫勤医疗、海上信息基础设施建设等重点方向发力，形成北京、上海、西安、无锡、苏州、舟山、深圳、三亚多地布局的子公司产业化力量，进一步支撑高质量发展。

进入新发展阶段，系统工程研究院深入贯彻新发展理念，对照习近平总书记强军思想，面向支撑集团公司高质量发展的迫切需要，不忘初心，牢记使命，以党建为统领，履行央企政治责任，扎实做好各项工作，加快建设海上作战特色鲜明、体系能力突出、创新引领力强的世界一流系统工程研究院，锚定建军100周年奋斗目标，为实现现代化国防建设作出新的更大的贡献。